在地球生态系统中，任何生物都有其相生或相克的食物链。尤其是在相对适宜的棚室环境中生长的番茄对其它有害生物的抵御能力往往更脆弱一些，侵害番茄生长发育的病虫害有时候更猖獗。
因为区域气候、栽培季节上的差别以及品种和管理水平上的不同。大棚番茄上经常出现的侵染性病害种类有时候相差较大。本文重点讨论在山东、河北、河南和京津地区越冬栽培番茄上比较常见的侵染性病害。
越冬栽培的大棚番茄苗期的温度相对较高，幼苗生长较快表皮更趋幼嫩，如果此时对土壤湿度控制不好，持续高湿、栽植深度不合适、土壤性状不合适等因素，极易导致根腐病、猝倒病、立枯病、早疫病、晚疫病、叶霉病、病毒病等病害的发生。
猝倒和立枯病：这两种病害的病菌属于弱寄生菌，只有番茄自身生长势因为某种环境因素的恶劣影响大幅降低的时候，病菌才能有机可乘，使子叶期幼苗尚未木质化的根部或茎基部腐烂甚至缢缩成线状，导致幼苗地上部萎蔫或大面积倒伏在地表面。这个突然恶化的环境因素大多数是气温上的大幅度变化，比如持续偏高的温度或光照不足使幼苗生长迅速而纤细，大雨降温后再迅速变晴升温。对这类病害，好的防控措施就是给幼苗一个合适的生长环境，使其生长健壮而不是生长快速；
根腐病：根腐病的地上典型症状是中午前后萎蔫早晚恢复正常，且顶端新叶为明显。青枯病的症状和根腐病有相同之处，但青枯病病情表现很快，发现白天萎蔫晚间恢复没几天时间，病株就会青枯死亡，横切青枯病病根，再用力挤压往往可以看见浑浊的脓状物。持续高湿、土壤中未腐熟粪肥产生的有害物对根系的毒害、播种或定植过深、重茬或土壤消毒不好使其它病菌或害虫的侵害等等，都会使根系生长能力下降，促使根腐病的发生。番茄根腐病的病原菌有镰刀菌、疫霉菌、腐霉菌等多种。这在药剂防治上应该注意，比如恶霉灵对镰刀菌和腐霉菌有效，但对疫霉菌无效；
溃疡病：定植后的越冬大棚栽培的番茄幼苗往往处于深秋时期，此期，如果阴雨天气较多，气温偏低（高20℃左右）、湿度较大，此时整枝打杈造成的伤口则利于溃疡病的发生。番茄溃疡病的症状初看起来也是幼苗萎蔫，但仔细瞅，幼苗嫩茎中下部往往生出许多不定根，严重时茎变粗甚至有瘤状物。所以，天气不好的时候尽量不要整枝打杈，整枝打杈以后立即喷施细菌性杀菌剂预防溃疡病病菌的侵袭；
叶霉病：接近开花的番茄，生长速度加快，生长量增加，对营养和光照等更加敏感。此时，如果遇上偏低的温度（22℃左右）和高湿度环境，生长衰弱见光少的时候，也很容易发生叶霉病。从下部开始，叶片正面产生退绿色斑块，叶片背面出现白色霉状物，进一步发展，叶片卷曲，叶背面的霉状物变褐，甚至叶片正面也有霉状物出现。对叶霉病的防控，及时控制病害的蔓延至关重要，其关键性措施就是提温、增光、补充营养，再配合药剂使用。单纯依赖化学药剂，甚至所谓的药，往往难以控制其为害；
病毒病：番茄常见的病毒性病害有黄化曲叶病毒、花叶病毒和条斑病毒等。种苗远距离带毒传播和白粉虱株间传播是番茄黄化曲叶病毒病的传播和侵染途径。2009年在山东寿光爆发的黄化曲叶病毒病随着抗病毒品种的普及，基本得到了控制。除了选用抗病品种，尽量不从感病区域购买番茄幼苗，以及从苗期开始，严格控制白粉虱以阻断其传播途径的同时，及时发现并拔除感病植株，喷施抗病毒药剂等多措施并举，是对这类病害的有效的防控措施。花叶病毒病和条斑病毒病都可以通过种子传播，条斑病毒还可以通过蚜虫传播。10%磷酸三钠溶液浸泡番茄种子20分钟再用清水冲洗掉种子表面上残存的药液后再催芽播种，是防控这两类病毒性病害有效的措施之一，且效果非常明显。
以上所述的几种侵染性病害是番茄上常见的病害，但有时候很多农民却不容易控制住看似很容易防控的这些病害，其原因往往是只注重药剂防治忽视了病害发生环节中关键因素的控制和改善，所以，本文就侧重于提醒生产中容易被忽略的一些细节，在采取具体措施防控这些病害的时候抓住真正的“本”，标本兼治，达到更好的防治效果。